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因为与诸将早有“约法三章”，朱由检只赏田不赐爵的做法并未引起什么波澜。联想到皇帝登基以来唯一封爵的武将竟是祖大寿，众将心里也都清楚，如果皇帝真要给谁爵位，说不定这人也就快倒霉了。当然另一方面，大多数将士均获赏赐，战功越多者收获越丰，自是人人欢喜。
有赏必有罚。获赏的将士主要是以秦兵为骨干的京师三大营、卢象升的天雄军，以及一部分辽东边军。而即将受罚的，自然是依附朱常洵叛乱的河南省各卫所官军了。
自从洪承畴襄阳兵变、朱常洵洛阳僭位以后，河南几乎全省皆叛。位于开封的河南都司都指挥使、河南总兵许定国率先响应叛乱，下辖各卫所除黄河以北的彰德卫以外，也纷纷加入叛军。
按照卫所编制，河南省的官军统属河南都指挥使司管辖，下辖河南卫、宣武卫、陈州卫、睢阳卫、信阳卫、南阳卫、汝州卫、弘农卫、怀庆卫、彰德卫、颍川卫等十一卫，以及若干独立千户所，分布于河南各地，在册兵力达到七万左右。但是由于“吃空饷”相当严重，实际兵力只有四万人左右，像彰德卫定额五千六百人，实际连两千人都不到。
唯一例外的是负责守卫洛阳的汝州卫，由于朱由崧早有叛意，又勾结白莲教暗中控制卫所官军，所以兵力大大超出编制。之前超编兵员的粮饷均由朱由崧暗中提供，理由也很冠冕堂皇：守卫洛阳，防止流贼再次攻城。虽然李定国攻城时被杀了一些，余者大部逃走，但还是有将近八千叛军来不及逃走，只得乖乖地放下兵器当了俘虏。
对于这些俘虏，朝中大臣坚决主张杀掉。理由也很充分，这些人枉为官军，竟然附逆叛乱、抵抗皇帝御驾亲征，说句不好听的话，这就是老百姓说的“吃完肉砸锅”，实乃罪不容诛。内阁已经做出票拟，除了左良玉手下那一小部分兵力外，以谋逆罪判处汝州卫所有将官士卒死罪，只等朱由检朱批。
朱由检思虑再三，却将票拟封驳了回去，并亲笔写了很长的朱批，耐心向朝臣解释为什么不能杀这些人。
第一，河南卫所官军是受朱由崧、洪承畴等人蒙蔽，以为皇帝已死。真正的逆贼只是朱常洵、朱由崧、洪承畴，以及他们手下的骨干分子，与普通士卒无干。
第二，就算这些官军确实有罪，但现在叛乱未平，朱常洵等主犯全部在逃，河南主战场上还有大量的叛军，其中相当一部分都是原来的卫所官军。如果对汝州卫士卒大开杀戒，则会树立一个极其恶劣的示范，其他卫所士卒必不肯再归顺朝廷。
第三，现在朝廷兵力捉襟见肘，因为要防范满清八旗入关报复，已经不可能从山海关、蓟镇、宣大和京师抽调更多的兵力增援中原战场。随着叛军向南退却，御营继续追击，官军的后方必然空虚。只有利用这些原本就是官军的军队守住洛阳等地，御营才可继续进兵，否则就有被洪承畴、李自成和张献忠等十三家、“闯王”高迎祥这三路大军包围歼灭的危险。
第四，朕有好生之德，叛军亦大明之子民，不欲过多杀伤，动摇国家元气。首恶必办，胁从不问，能招抚者尽量招抚，平叛后方可迅速恢复民生，否则赤地千里，即平叛亦是大败。
这四条理由当然也很冠冕堂皇，其实与内阁票拟是各有利弊。但是皇帝一言九鼎，廷臣又远在京师，趁着奏折反复往来的时间，朱由检早把想做的事做了。
首先，他下旨废除河南都司及下属全部卫所建制。这倒是应有之义，因为现在叛军还在打着河南都司及各卫所的旗号与官军对抗，废掉他们的建制，叛军也就不再名正言顺，彻底成为叛军。
第二，让西安知府杨嗣昌上疏朝廷，正式提出“四正六隅，十面张网”的剿灭流贼军事战略。并且不等廷臣做出反应，直接下诏肯定了杨嗣昌的战略构想，并指出现在叛军与流贼合流，理应一体对待。
第三，顺势下旨组建新军。因为要实现杨嗣昌的战略构想，关键就是要由一两名重臣督师，组建一支强大的部队追着流贼打，这就与各司一方防务、互不统属的卫所制度发生了冲突。这时候朱由检打破卫所制度，组建一支全新的军队，就显得比较自然。
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